Dopo la fine della Jugoslavia Karadžić fu il primo presidente della Republika Srpska, fra il 1992 ed il 1996; durante la sua presidenza puntò alla diretta unificazione di quella entità con la Serbia.
Arrestato a Belgrado nel 2008 dopo una latitanza di 12 anni, viene estradato in Olanda e detenuto nel carcere delle Nazioni Unite di Scheveningen.
Karadžić è accusato di crimini di guerra contro i musulmani e croati bosniachi commessi nel corso dell’assedio di Sarajevo, così come di aver ordinato l’eccidio di Srebrenica.